Ein Schwerpunkt des BayernNetzNatur-Projektes liegt in der Schaffung von Trittsteinflächen zwischen den hochwertigen Naturschutzgebieten im Muschelkalk des Landkreises Main-Spessart. Trittsteinflächen sind meist vergleichsweise kleine Gebiete, die in ihrem Charakter und dem Vorkommen typischer wildlebender Pflanzen- und Tierarten den Naturschutzgebieten ähneln und diese miteinander verbinden. Zudem dienen sie als Rückzugsräume und Lebensräume für kleinere Populationen von verschiedenen Tier- und Pflanzenarten.

Trittsteinbiotope liegen meist in geringer Entfernung zu Naturschutzgebieten z.B. mitten in einer Agrarflur oder auch in der Nähe von Siedlungen. Damit sind sie für die Artenwanderung von essentieller Bedeutung. Auf dem Weg von einem zum anderen Naturschutzgebiet dienen die Trittsteinflächen als Rückzugsraum oder Nahrungshabitat. In manchen Regionen können solche Trittsteinflächen auf diese Weise überhaupt erst ein Wandern von Arten ermöglichen, da Naturschutzgebiete oftmals weit voneinander entfernt liegen oder durch große Hindernisse wie z.B. Städte getrennt sind, die das Wandern verhindern. Ist es den Arten nicht möglich zwischen den Schutzgebieten zu wandern, kann kein genetischer Austausch zwischen Populationen stattfinden. Dies kann das Verschwinden der Arten über die Jahrzehnte zur Folge haben.
Damit Trittsteine insbesondere für besondere Pflanzenarten eine wirksame Funktion erfüllen können, sollten die Flächen nicht zu klein sein, da sie sonst besonders anfällig für Nährstoff- oder Pestizideinträge durch umliegende Äcker sind.

Aus diesen Gründen schafft, optimiert und vernetzt das Projekt neue und bestehende Trittsteinflächen, so dass isolierte Trockenrasenkomplexe und Feuchtwiesen miteinander verbunden und insgesamt aufgewertet werden. So wird der genetische Austausch von Tier- und Pflanzenarten ermöglicht und gefördert. Dies kommt auch Wildtieren wie Rebhuhn oder Feldhase, aber auch einer Vielzahl von Insekten und Vögeln in der zunehmend strukturarmen Agrarflur als wichtiger Lebensraum zugute.
Auch Landwirte werden innerhalb des Projektes beraten, wie sie Ackerflächen nachhaltiger und naturverträglich bewirtschaften können. Dabei können die Leistungen über das Vertragsnaturschutzprogramm vergütet werden.